Quand on a des problématiques digestives, on entend souvent parler du microbiote intestinal. En effet, son déséquilibre est souvent une des causes des soucis digestifs.

Le microbiote : sa carte d’identité

Le microbiote, aussi appelé flore intestinale, constitue l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons, parasites) qui cohabitent dans notre organisme. Chez un adulte, il pèse environ 1,5kg.

Le microbiote intestinal se trouve au niveau de l’intestin grêle et du côlon et joue un rôle dans la digestion, bien évidemment, mais aussi au niveau de l’immunité. 70% de l’immunité se trouve dans l’intestin, il a donc un rôle important pour nous protéger face aux agents pathogènes (microbes). Avez-vous déjà entendu parlé de notre « deuxième cerveau » ? Il s’agit du microbiote, car notre intestin et notre cerveau communiquent directement ensemble par le biais du nerf vague. 

Nous en avons 5 différents :⠀⠀

  • Le microbiote du système digestif (au niveau des intestins)⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀
  • Le microbiote respiratoire (au niveau des poumons)⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀
  • Le microbiote cutané (au niveau de la peau)⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀
  • Le microbiote vaginal (au niveau du vagin)⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀
  • Le microbiote urinaire (au niveau de la vessie)⠀

Lorsqu’un de ces microbiotes est en déséquilibre, cela entraîne des problématiques spécifiques à l’organe concerné. Par exemple, pour le microbiote intestinal, on retrouve des ballonnements, une mauvaise digestion, des allergies, etc. Pour le microbiote vaginal, un déséquilibre peut entraîner une mycose, etc. ⠀

Hippocrate disait que « Toute maladie commence dans l’intestin ». En naturopathie, pour soulager une problématique on s’intéresse aux différents facteurs responsables de celle-ci. Le déséquilibre du microbiote est une cause première et le travail sur celui-ci donne des résultats pour retrouver un mieux-être.

Tout est une question d’équilibre⠀

Comme nous l’avons vu, le microbiote est constitué de micro-organismes. On parle de symbiose lorsque les différentes espèces bactériennes se trouvent en équilibre.  
Vous avez peut-être déjà entendu que nous étions constitués de bonnes et de mauvaises bactéries. En fait, il n’existe pas vraiment de mauvaises bactéries, c’est plutôt le déséquilibre de toutes les bactéries présentes qui entraîne des problématiques. Par exemple, la candidose est due à un excès du champignon candida albicans. Le candida nous l’avons tous en nous et il ne pose pas problème. C’est le déséquilibre de la flore qui entraîne une prolifération de celui-ci et qui provoque la candidose.

Comment savoir si ma flore est déséquilibrée ?

Le déséquilibre du microbiote est appelé dysbiose, elle entraîne différentes problématiques au sein de l’organisme. Si vous en avez une ou plusieurs, il y a de fortes probabilités que vous soyez en dysbiose.⠀⠀⠀

Premièrement, on retrouve des problématiques digestives telles que des ballonnements, des maux de ventre, des diarrhées ou de la constipation ou encore des remontées acides.⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀

Ensuite, la dysbiose cause des allergies ou une sensibilité alimentaire.⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀

Puis, lorsque l’hiver, vous attrapez facilement les rhumes, la grippe, la gastro-entérite, etc. Le microbiote constitue 70% de notre système immunitaire. Le système immunitaire permet de lutter contre les corps étrangers qui entrent dans l’organisme.⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀

Et, une prise de poids, souvent inexpliquée. En effet, un déséquilibre du microbiote est un facteur contribuant à la prise de poids.⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀

Enfin, la dysbiose peut causer des mycoses buccales, vaginales, intestinales (candidose).⠀

Quels sont les facteurs qui sont susceptibles de causer la dysbiose ?⠀

  • Un microbiote appauvri en bactéries chez le nourrisson par des antibiothérapies répétées dès les premières années de la vie, un manque d’allaitement, une dysbiose présente chez la maman pendant la grossesse. ⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀⠀
  • Un stress chronique
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  • Une prise répétée d’antibiotiques : Les antibiotiques tuent toutes les bactéries sur leur passage, les bonnes comme les “mauvaises” (celles responsables d’une infection). Prendre des antibiotiques régulièrement entraîne un déséquilibre de nos bactéries intestinales.
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  • Une alimentation déséquilibrée, dénaturée, riche en sucres & en graisses saturées. Les pesticides, les conservateurs, les édulcorants, les métaux lourds ont également des conséquences sur le microbiote.
    Nous sommes ce que nous mangeons. Il est important d’enrichir votre assiette avec des aliments de qualité, de préférence biologique, et d’associer vos aliments de manière à ce qu’ils soient digestes et respectent la dissociation alimentaire.
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  • Prise de médicaments : Certains médicaments vont avoir un effet sur la flore intestinale sur le long terme.
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  • Le tabac

Malgré une dysbiose, il est possible de rétablir une flore intestinale pour éviter les problématiques digestives ou pour les soulager en naturopathie. ⠀⠀⠀

Les solutions naturelles en cas de dysbiose

L’hygiène alimentaire

La première chose à faire en cas de dysbiose est de revoir votre alimentation puisqu’ elle joue un rôle primordial dans la bonne composition de la flore intestinale.


Je vous conseille d’avoir une alimentation la moins transformée possible. Privilégier des fruits & des légumes de saison, de préférence biologiques pour éviter les pesticides. Consommer des protéines de bonne qualité. Consommer aussi des bonnes graisses que l’on retrouve dans les huiles (noix, coco, olive, lin, chanvre, etc.) & les poissons gras (sardines, maquereaux, saumons, etc.) qui ont en plus, l’avantage d’être riche en oméga 3 (anti-inflammatoires). Les oléagineux (noix, noisettes, amandes) sont riches en bonnes graisses aussi. L’alimentation doit être individualisée car les besoins d’une personne dépendent de votre hygiène de vie, de votre terrain, de vos besoins, etc.

Les probiotiques

Les probiotiques peuvent aussi venir en complément pour réensemencer la flore intestinale. Ce sont des compléments qui contiennent des bactéries ou des levures qui sont naturellement présents dans l’organisme, et qui vont permettre de repeupler les intestins pour retrouver un équilibre. 
Cependant, nous avons tous une flore intestinale différente, en effet la composition varie d’un individu à l’autre. Le choix des probiotiques doit se faire en fonction de chacun, et parfois il faut en tester plusieurs pour trouver ceux qui vous conviennent. Il existe des aliments qui contiennent des sources naturelles de probiotiques comme le kombucha, le kéfir, la choucroute par exemple. Toutefois, les probiotiques peuvent ne pas convenir à tous, c’est pourquoi je vous recommande de demander l’avis d’un professionnel de santé avant de vous supplémenter. 

Travailler sur le stress chronique

Si vous êtes régulièrement stressé(e), certains outils peuvent vous aider comme la méditation, le yoga, la sophrologie, la pensée positive, etc.

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Pour finir, il est intéressant de comprendre le rôle du microbiote et les conséquences d’un déséquilibre pour retrouver un bien-être optimal. Dans les problématiques digestives, le travail sur celui-ci est indispensable pour retrouver un mieux-être.⠀⠀⠀

Pensez-vous avoir une flore intestinale déséquilibrée ?